Madrasah Aliyah Azmania diselenggarakan dengan mengacu pada Kurikulum Tingkat Satuan Pendidikan (KTSP) 2013 dan ditambahkan kurikulum khusus institusi sebagai ciri khas Madrasah Aliyah Azmania. Kedua kurikulum dikembangkan dan diintegrasikan untuk menghasilkan lulusan yang berakhlah mulia, unggul dan memiliki kemandirian. Kurikulum institusi didesain untuk memperkuat kompetensi agama (Akidah Akhlak, Fiqih Ibadah), kompetensi Al Qur’an (tartil, tahfidz, tarjamah), kompetensi komunikasi (bahasa Inggris dan Arab), kompetensi personal (life skill dan olah raga prestasi). Sebagaimana kurikulum inti, implementasi kurikulum institusi disesuaikan dengan perkembangan anak pada usia pendidikan menengah. Selain penambahan kurikulum institusi, dalam kegiatan pembelajaran di sekolah baik di kelas maupun di luar kelas didesain program pembiasaan yang didasarkan kepada nilai-nilai Al-Qur’an dan As-Sunnah dengan pemahaman yang shahih. Para siswa diajarkan kepribadian dan adab pergaulan Islami, baik dengan sesama siswa, dengan pengelola dan guru, dengan warga sekolah lainnya, serta dengan orang tua. Para siswa juga dibiasakan menggunakan pakaian yang sopan dan sesuai dengan tuntunan syari’at Islam, sehingga mereka terbiasa menginternalisasikan nilai-nilai agama dalam kehidupan sehari-hari. Waktu pembelajaran akademik di Madrasah Aliyah Azmania adalah 6 (enam) hari belajar efektif, yaitu Senin sampai dengan Sabtu. Alokasi waktu belajar mulai pukul 7.15 WIB sampai dengan pukul 11.45 WIB. Siang sampai sore hari digunakan untuk untuk pelaksanaan program life skill melalui kegiatan ekstra kulikuler dan program bahasa bilingual (Inggris dan Arab).